- Iñigo Ardanza
- 8 min de lectura
Actualizado: octubre 2026
Puntos clave
- Date de alta en Hacienda y en el RETA antes de empezar.
- La mayoría de servicios sanitarios están exentos de IVA.
- El modelo 130 trimestral no siempre es obligatorio.
- Verifactu depende de tu software de facturación.
- Guarda las facturas de los gastos que quieras deducir.
Darse de alta como médico autónomo en España implica cumplir con un conjunto de obligaciones fiscales y administrativas que van más allá de emitir facturas. Alta en Hacienda, cotización a la Seguridad Social, declaraciones trimestrales, Verifactu, LOPD y gastos deducibles — todo tiene un plazo y una forma correcta de gestionarlo. Esta guía lo cubre todo en orden, con los plazos actualizados a 2026.
Alta en Hacienda: el primer paso antes de empezar a facturar
Antes de emitir tu primera factura como médico autónomo debes darte de alta en la Agencia Tributaria mediante la declaración censal (modelo 036, o el 037 simplificado si cumples los requisitos).
En este modelo declaras tu actividad económica con el epígrafe del IAE correspondiente, tu domicilio fiscal y el régimen de IVA aplicable. Es importante elegir bien el epígrafe porque condiciona los impuestos que tendrás que presentar.
Cuándo presentarlo: antes del inicio de la actividad. Si hay cambios en tus datos — domicilio fiscal, nueva actividad, cese — debes presentar una modificación del modelo en el plazo de un mes desde que se produzca el cambio.
Alta en la Seguridad Social: el RETA para médicos
Simultáneamente al alta en Hacienda debes darte de alta en el Régimen Especial de Trabajadores Autónomos (RETA). Este alta debe hacerse antes del inicio de la actividad o como máximo el mismo día.
La cotización mensual al RETA depende de tus rendimientos netos anuales estimados — desde 2023 el sistema de cotización por ingresos reales ha ido implantándose de forma progresiva. Puedes cambiar tu base de cotización hasta seis veces al año si tus ingresos varían.
Para los tramos y cuotas actualizadas a 2026: Cuota de autónomos para médicos en 2026
IVA en la actividad médica: cuándo aplica y cuándo no
La mayoría de los servicios sanitarios están exentos de IVA bajo el artículo 20.1.3º de la Ley del IVA — no tienes que cobrarlo ni declararlo. Pero la exención no es universal: los tratamientos estéticos sin indicación médica, los informes periciales y la formación a otros profesionales sí llevan IVA al 21%.
Si toda tu actividad está exenta, no estás obligado a presentar el modelo 303 trimestral. Si tienes actividad mixta — parte exenta y parte sujeta — sí debes presentarlo.
Casuística de IVA por especialidad médica: Factura médica: guía completa con facturación electrónica
IRPF: declaraciones trimestrales y declaración anual
Como médico autónomo pagas el IRPF en dos fases.
Pagos fraccionados trimestrales — Modelo 130
Cada trimestre debes presentar el Modelo 130 con un anticipo del IRPF calculado sobre tus rendimientos netos del trimestre. Los plazos son:
Según la AEAT, no estás obligado a presentar el modelo 130 si en el año anterior al menos el 70 % de tus ingresos de la actividad estuvieron sujetos a retención, algo habitual si facturas sobre todo a empresas, mutuas o aseguradoras. Si es tu primer año, se calcula con las retenciones del propio trimestre. Si no sale cantidad a ingresar, hay que presentar la declaración negativa.
| Trimestre | Periodo que cubre | Plazo de presentación | Modelos a presentar |
|---|---|---|---|
| 1er trimestre | Enero — Marzo | 1–20 abril | Modelo 130 (IRPF) · Modelo 303 si tienes actividad con IVA |
| 2º trimestre | Abril — Junio | 1–20 julio | Modelo 130 (IRPF) · Modelo 303 si tienes actividad con IVA |
| 3er trimestre | Julio — Septiembre | 1–20 octubre | Modelo 130 (IRPF) · Modelo 303 si tienes actividad con IVA |
| 4º trimestre | Octubre — Diciembre | 1–30 enero | Modelo 130 (IRPF) · Modelo 303 si tienes actividad con IVA |
Retenciones que te practican tus clientes
Si facturas a empresas o aseguradoras que te retienen el IRPF, esas retenciones se compensan en tu declaración anual. Al final del año Hacienda cruza los pagos fraccionados que has hecho con las retenciones ya ingresadas por terceros: si has pagado de más, te devuelven; si has pagado de menos, pagas la diferencia.
El modelo 190 (resumen anual de retenciones) lo presenta quien practica la retención, no quien la sufre. Solo te afecta si tú retienes a terceros, por ejemplo a empleados o a profesionales que te facturan.
Declaración de la renta anual — Modelo 100
La declaración anual de IRPF se presenta entre abril y junio del año siguiente al ejercicio. Aquí se regulariza todo: ingresos, gastos deducibles, pagos fraccionados y retenciones. Es el momento en que se calcula si has pagado más o menos de lo que te correspondía.
Verifactu: qué es y cuándo te afecta
Verifactu es el reglamento que regula los sistemas informáticos de facturación (Real Decreto 1007/2023): obliga a que el programa con el que emites las facturas genere registros íntegros, trazables e inalterables. Afecta a los médicos autónomos que facturan con un sistema informático, aunque sus facturas estén exentas de IVA.
Según el reglamento, los plazos de adaptación son el 1 de enero de 2027 para los contribuyentes del Impuesto sobre Sociedades y el 1 de julio de 2027 para el resto. El 5 de octubre de 2026, Hacienda comunicó una previsión de aplazamiento hasta octubre de 2028 para pymes y autónomos con facturación de hasta 8 millones de euros, pendiente de formalizar: consulta en la AEAT las fechas vigentes. La conformidad del software la acredita su fabricante mediante una declaración responsable; no existe una homologación previa de la AEAT.
Tienes más detalle en la guía sobre la ley antifraude y Verifactu y en la página de Verifactu para clínicas.
LOPD: protección de datos en la consulta médica
Como médico autónomo tratas datos de salud de tus pacientes, que son datos especialmente protegidos bajo el RGPD. Esto implica obligaciones concretas: registro de actividades de tratamiento, consentimientos informados, política de privacidad y medidas de seguridad técnicas y organizativas.
El incumplimiento puede sancionarse con multas de hasta 10 o 20 millones de euros (o el 2 % o el 4 % de la facturación anual mundial, según la infracción), de acuerdo con el artículo 83 del RGPD.
Guía completa: LOPD para clínicas: en qué consiste
Gastos deducibles para médicos autónomos
Este es uno de los aspectos que más dinero puede ahorrarte y que más se subestima. Para que un gasto sea deducible debe estar vinculado directamente a tu actividad como médico, estar correctamente justificado con factura y estar anotado en tus libros contables.
| Gasto | Ejemplos habituales | Deducible |
|---|---|---|
| Alquiler de la consulta Necesita contrato y factura a nombre del autónomo | Alquiler mensual del local donde ejerces la actividad | 100% |
| Suministros de la consulta Luz, agua, internet del local de trabajo | Facturas de suministros a nombre del local o del autónomo | 100% |
| Material sanitario y fungible Guantes, mascarillas, material clínico, equipos diagnósticos | Todo el material necesario para la actividad clínica | 100% |
| Software de gestión clínica Suscripciones a programas de gestión, facturación o historiales | Cuota mensual de Docfav u otros programas de gestión | 100% |
| Cuota de autónomos (RETA) La cotización mensual a la Seguridad Social | Cuota mensual al RETA íntegra | 100% |
| Formación y colegiación Cursos, congresos, colegio profesional | Cuota colegial, formación continuada, cursos de especialización | 100% |
| Asesoría y gestoría Servicios de gestión fiscal y contable | Honorarios del gestor o asesor fiscal | 100% |
| Seguro de responsabilidad civil Seguro profesional médico obligatorio | Prima anual del seguro de RC profesional | 100% |
| Vehículo y desplazamientos Solo si se usa exclusivamente para la actividad | Kilometraje, peajes, transporte público en visitas | Parcial |
| Teléfono y comunicaciones Porcentaje del uso profesional sobre el total | Factura del móvil o línea de consulta | Parcial |
| Uso del domicilio como consulta Porcentaje de la superficie destinada a la actividad | Alquiler, suministros e hipoteca proporcionales al espacio clínico | Parcial |
Calendario de obligaciones fiscales del médico autónomo
Este es el resumen de todas las declaraciones que debes presentar y cuándo.
| Obligación | Modelo | Plazo / Frecuencia | Aplica a |
|---|---|---|---|
| Inicio de actividad — Una sola vez | |||
| Alta en Hacienda Antes de emitir la primera factura | Modelo 036 / 037 | Antes de iniciar | Todos los autónomos |
| Alta en la Seguridad Social Régimen Especial de Trabajadores Autónomos | RETA | Antes de iniciar | Todos los autónomos |
| Obligaciones mensuales | |||
| Cuota de autónomos Según tramo de rendimientos netos | RETA | Mensual | Todos los autónomos |
| Obligaciones trimestrales | |||
| Pago fraccionado IRPF 20% del rendimiento neto trimestral | Modelo 130 | Trimestral | Todos los autónomos |
| Declaración de IVA Solo si tienes actividad sujeta a IVA | Modelo 303 | Trimestral* | Actividad con IVA |
| Obligaciones anuales | |||
| Resumen anual de retenciones Enero del año siguiente | Modelo 190 | Anual — enero | Solo si practicas retenciones a terceros |
| Resumen anual de IVA Enero del año siguiente | Modelo 390 | Anual — enero* | Actividad con IVA |
| Declaración de la renta Regularización anual del IRPF | Modelo 100 | Anual — abril/junio | Todos los autónomos |
| Obligación permanente desde 2025 | |||
| Verifactu — Facturación electrónica Software que cumpla el reglamento de sistemas informáticos de facturación (Verifactu) | — | Continua | Todos los autónomos |
Guías según tu especialidad y tu situación
- Cuota de autónomos y alta: cuota de autónomos para médicos, psicólogo autónomo: requisitos, hacerse autónomo en fisioterapia y logopeda autónomo.
- Facturación y contabilidad: guía de factura médica, contabilidad en fisioterapia y las guías de Verifactu para dentistas, fisioterapeutas y psicólogos.
- Montar y gestionar tu consulta: cómo abrir una consulta médica privada, montar una clínica de fisioterapia, responsabilidad civil profesional sanitaria e indicadores de rentabilidad de una clínica.
- Protección de datos: obligaciones del RGPD en una clínica privada.
Cómo un software médico te ayuda a cumplir con todo esto
Gestionar manualmente las declaraciones trimestrales, la facturación con Verifactu, los consentimientos LOPD y los libros contables es viable pero consume tiempo de consulta. Un software médico integrado automatiza la parte más repetitiva.
Con Docfav puedes emitir facturas con Verifactu integrado, gestionar consentimientos LOPD con firma digital y llevar el control de cobros e impagados — todo desde el mismo sistema donde tienes la agenda y los historiales.
