Obligaciones fiscales de un médico autónomo: guía completa 2026
Actualizado: abril 2026
Darse de alta como médico autónomo en España implica cumplir con un conjunto de obligaciones fiscales y administrativas que van más allá de emitir facturas. Alta en Hacienda, cotización a la Seguridad Social, declaraciones trimestrales, Verifactu, LOPD y gastos deducibles — todo tiene un plazo y una forma correcta de gestionarlo. Esta guía lo cubre todo en orden, con los plazos actualizados a 2026.
Alta en Hacienda: el primer paso antes de empezar a facturar
Antes de emitir tu primera factura como médico autónomo debes darte de alta en la Agencia Tributaria mediante el Modelo 036 o 037. El 037 es la versión simplificada y es la que usa la mayoría de autónomos con actividad sencilla.
En este modelo declaras tu actividad económica con el epígrafe del IAE correspondiente, tu domicilio fiscal y el régimen de IVA aplicable. Es importante elegir bien el epígrafe porque condiciona los impuestos que tendrás que presentar.
Cuándo presentarlo: antes del inicio de la actividad. Si hay cambios en tus datos — domicilio fiscal, nueva actividad, cese — debes presentar una modificación del modelo en el plazo de un mes desde que se produzca el cambio.
Alta en la Seguridad Social: el RETA para médicos
Simultáneamente al alta en Hacienda debes darte de alta en el Régimen Especial de Trabajadores Autónomos (RETA). Este alta debe hacerse antes del inicio de la actividad o como máximo el mismo día.
La cotización mensual al RETA depende de tus rendimientos netos anuales estimados — desde 2023 el sistema de cotización por ingresos reales ha ido implantándose de forma progresiva. Puedes cambiar tu base de cotización hasta seis veces al año si tus ingresos varían.
Para los tramos y cuotas actualizadas a 2026: Cuota de autónomos para médicos en 2026
IVA en la actividad médica: cuándo aplica y cuándo no
La mayoría de los servicios sanitarios están exentos de IVA bajo el artículo 20.1.3º de la Ley del IVA — no tienes que cobrarlo ni declararlo. Pero la exención no es universal: los tratamientos estéticos sin indicación médica, los informes periciales y la formación a otros profesionales sí llevan IVA al 21%.
Si toda tu actividad está exenta, no estás obligado a presentar el modelo 303 trimestral. Si tienes actividad mixta — parte exenta y parte sujeta — sí debes presentarlo.
Casuística de IVA por especialidad médica: Factura médica: guía completa con facturación electrónica
IRPF: declaraciones trimestrales y declaración anual
Como médico autónomo pagas el IRPF en dos fases.
Pagos fraccionados trimestrales — Modelo 130
Cada trimestre debes presentar el Modelo 130 con un anticipo del IRPF calculado sobre tus rendimientos netos del trimestre. Los plazos son:
| Trimestre | Periodo que cubre | Plazo de presentación | Modelos a presentar |
|---|---|---|---|
| 1er trimestre | Enero — Marzo | 1–20 abril | Modelo 130 (IRPF) · Modelo 303 si tienes actividad con IVA |
| 2º trimestre | Abril — Junio | 1–20 julio | Modelo 130 (IRPF) · Modelo 303 si tienes actividad con IVA |
| 3er trimestre | Julio — Septiembre | 1–20 octubre | Modelo 130 (IRPF) · Modelo 303 si tienes actividad con IVA |
| 4º trimestre | Octubre — Diciembre | 1–30 enero | Modelo 130 (IRPF) · Modelo 303 si tienes actividad con IVA · Modelo 190 (resumen retenciones) |
Retenciones recibidas — Modelo 190
Si facturas a empresas o aseguradoras que te retienen el IRPF, esas retenciones se compensan en tu declaración anual. Al final del año Hacienda cruza los pagos fraccionados que has hecho con las retenciones ya ingresadas por terceros — si has pagado de más, te devuelven; si has pagado de menos, pagas la diferencia.
Declaración de la renta anual — Modelo 100
La declaración anual de IRPF se presenta entre abril y junio del año siguiente al ejercicio. Aquí se regulariza todo: ingresos, gastos deducibles, pagos fraccionados y retenciones. Es el momento en que se calcula si has pagado más o menos de lo que te correspondía.
Verifactu: la obligación de facturación electrónica que afecta a todos los sanitarios
Desde la entrada en vigor de Verifactu, todos los autónomos y sociedades están obligados a emitir facturas mediante software homologado que remita los registros a Hacienda en tiempo real. Afecta a los médicos autónomos independientemente de si sus facturas llevan IVA o están exentas.
Si sigues usando Excel o Word para facturar, no cumples. Las sanciones parten de los 1.000 € por infracción.
LOPD: protección de datos en la consulta médica
Como médico autónomo tratas datos de salud de tus pacientes, que son datos especialmente protegidos bajo el RGPD. Esto implica obligaciones concretas: registro de actividades de tratamiento, consentimientos informados, política de privacidad y medidas de seguridad técnicas y organizativas.
El incumplimiento de la LOPD puede derivar en sanciones desde los 40.000 € en el caso de infracciones graves.
Guía completa: LOPD para clínicas: en qué consiste
Gastos deducibles para médicos autónomos
Este es uno de los aspectos que más dinero puede ahorrarte y que más se subestima. Para que un gasto sea deducible debe estar vinculado directamente a tu actividad como médico, estar correctamente justificado con factura y estar anotado en tus libros contables.
| Gasto | Ejemplos habituales | Deducible |
|---|---|---|
| Alquiler de la consulta Necesita contrato y factura a nombre del autónomo |
Alquiler mensual del local donde ejerces la actividad | 100% |
| Suministros de la consulta Luz, agua, internet del local de trabajo |
Facturas de suministros a nombre del local o del autónomo | 100% |
| Material sanitario y fungible Guantes, mascarillas, material clínico, equipos diagnósticos |
Todo el material necesario para la actividad clínica | 100% |
| Software de gestión clínica Suscripciones a programas de gestión, facturación o historiales |
Cuota mensual de Docfav u otros programas de gestión | 100% |
| Cuota de autónomos (RETA) La cotización mensual a la Seguridad Social |
Cuota mensual al RETA íntegra | 100% |
| Formación y colegiación Cursos, congresos, colegio profesional |
Cuota colegial, formación continuada, cursos de especialización | 100% |
| Asesoría y gestoría Servicios de gestión fiscal y contable |
Honorarios del gestor o asesor fiscal | 100% |
| Seguro de responsabilidad civil Seguro profesional médico obligatorio |
Prima anual del seguro de RC profesional | 100% |
| Vehículo y desplazamientos Solo si se usa exclusivamente para la actividad |
Kilometraje, peajes, transporte público en visitas | Parcial |
| Teléfono y comunicaciones Porcentaje del uso profesional sobre el total |
Factura del móvil o línea de consulta | Parcial |
| Uso del domicilio como consulta Porcentaje de la superficie destinada a la actividad |
Alquiler, suministros e hipoteca proporcionales al espacio clínico | Parcial |
Calendario de obligaciones fiscales del médico autónomo
Este es el resumen de todas las declaraciones que debes presentar y cuándo.
| Obligación | Modelo | Plazo / Frecuencia | Aplica a |
|---|---|---|---|
| Inicio de actividad — Una sola vez | |||
| Alta en Hacienda Antes de emitir la primera factura |
Modelo 036 / 037 | Antes de iniciar | Todos los autónomos |
| Alta en la Seguridad Social Régimen Especial de Trabajadores Autónomos |
RETA | Antes de iniciar | Todos los autónomos |
| Obligaciones mensuales | |||
| Cuota de autónomos Según tramo de rendimientos netos |
RETA | Mensual | Todos los autónomos |
| Obligaciones trimestrales | |||
| Pago fraccionado IRPF 20% del rendimiento neto trimestral |
Modelo 130 | Trimestral | Todos los autónomos |
| Declaración de IVA Solo si tienes actividad sujeta a IVA |
Modelo 303 | Trimestral* | Actividad con IVA |
| Obligaciones anuales | |||
| Resumen anual de retenciones Enero del año siguiente |
Modelo 190 | Anual — enero | Autónomos con retenciones |
| Resumen anual de IVA Enero del año siguiente |
Modelo 390 | Anual — enero* | Actividad con IVA |
| Declaración de la renta Regularización anual del IRPF |
Modelo 100 | Anual — abril/junio | Todos los autónomos |
| Obligación permanente desde 2025 | |||
| Verifactu — Facturación electrónica Software homologado con remisión en tiempo real a Hacienda |
— | Continua | Todos los autónomos |
Cómo un software médico te ayuda a cumplir con todo esto
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