Fisioterapeuta autónomo: pasos, obligaciones y lo que nadie te explica antes de darte de alta
- Iker Martínez Pérez
- 9 min de lectura
Actualizado: octubre 2026
Puntos clave
- La colegiación es obligatoria para ejercer.
- Alta en Hacienda (grupo 836 del IAE) y en el RETA.
- Cuota habitual: tramos 7 a 9, de 350 a 390 € al mes.
- Las sesiones terapéuticas están exentas de IVA.
- Verifactu: Hacienda prevé aplazarlo hasta octubre de 2028.
Cada vez más fisioterapeutas deciden ejercer por cuenta propia. Algunos porque quieren gestionar su propio tiempo, otros porque quieren construir su propia cartera de pacientes, y muchos porque la opción de trabajar en una clínica ajena no encaja con lo que tienen en mente a largo plazo.
El problema es que el camino para hacerse fisioterapeuta autónomo tiene más pasos de los que parece. No basta con darse de alta en Hacienda. Hay que colegiarse, conocer las obligaciones fiscales específicas de la profesión, cumplir con la protección de datos y adaptar tu sistema de facturación a la normativa de Verifactu.
Esta guía cubre todo eso, en orden y sin rodeos. Y si quieres ahorrar tiempo con la parte administrativa, un software para fisioterapeutas puede ayudarte.
Pasos para darte de alta como fisioterapeuta autónomo
1. Colegiación en el Colegio de Fisioterapeutas
Antes de cualquier trámite fiscal o administrativo: la colegiación es obligatoria para ejercer la fisioterapia en España. Sin número de colegiado no puedes prestar servicios como fisioterapeuta, ni como autónomo ni en ninguna otra modalidad.
Cada comunidad autónoma tiene su propio Colegio Oficial de Fisioterapeutas. La cuota de inscripción y la cuota periódica las fija cada colegio, así que varían según la comunidad.
2. Alta en Hacienda — Modelo 036 o 037
El primer trámite fiscal es presentar el modelo 036 o el modelo 037 (versión simplificada) en la Agencia Tributaria. Con este modelo te das de alta en el censo de empresarios y profesionales y declaras la actividad que vas a ejercer.
Si ejerces por cuenta propia y sin organización empresarial, te corresponde el grupo 836 de la sección segunda de las Tarifas del IAE («Ayudantes técnicos sanitarios y fisioterapeutas»). Si abres un centro con otros fisioterapeutas contratados, la Dirección General de Tributos lo considera actividad empresarial y lo clasifica en el epígrafe 942.9 de la sección primera (consulta vinculante V0711-20).
En este mismo modelo debes indicar si tributarás en estimación directa simplificada (la opción habitual para autónomos que inician actividad) o en módulos, y si vas a realizar operaciones con IVA sujeto o exento.
Para el resto de impuestos y declaraciones, consulta las obligaciones fiscales del médico y sanitario autónomo.
3. Alta en la Seguridad Social — RETA
Debes darte de alta en el Régimen Especial de Trabajadores Autónomos (RETA) de la Seguridad Social antes de iniciar la actividad, y puedes hacerlo hasta 60 días antes. Si presentas el alta fuera de plazo, tiene efectos desde el día 1 del mes de inicio de la actividad.
Desde enero de 2023 la cuota se calcula en función de los rendimientos netos previstos de tu actividad. Hay 15 tramos, con cuotas mínimas desde 200 €/mes en el más bajo hasta 590 €/mes en el más alto, más el MEI (Orden PJC/297/2026). Al darte de alta eliges la base dentro del tramo que corresponde a tus ingresos previstos, y puedes modificarla hasta seis veces al año. Al cierre del ejercicio, la Seguridad Social regulariza la cotización con los ingresos reales declarados en la renta.
Si eres nuevo autónomo puedes acceder a la tarifa plana durante el primer año, independientemente de tus ingresos. Hasta 2025 fue de 80 €/mes; confirma su importe de 2026 en la Seguridad Social antes de darte de alta.
Cuánto pagarás de cuota como fisioterapeuta autónomo
La Seguridad Social calcula tu tramo a partir del rendimiento neto mensual: tus ingresos menos los gastos deducibles y menos la deducción por gastos genéricos (7 % si eres autónomo persona física), dividido entre 12.
Ejemplo ilustrativo: un fisioterapeuta que factura 3.000 € al mes y tiene 600 € de gastos deducibles (alquiler, material, seguro, software, colegio) tiene un rendimiento neto de (3.000 − 600) × 0,93 = 2.232 € al mes. Le corresponde el tramo 9, con una cuota mínima de 390 € al mes más el MEI.
Los tramos en los que se sitúan la mayoría de fisioterapeutas con consulta activa son estos (cuota mínima del tramo, sin MEI):
- Tramo 7 (1.700 a 1.850 € de rendimiento neto al mes): 350 €
- Tramo 8 (1.850 a 2.030 €): 370 €
- Tramo 9 (2.030 a 2.330 €): 390 €
El MEI es el 0,9 % de la base de cotización en 2026. Si quieres ver los 15 tramos, consulta la cuota de autónomos para sanitarios.
4. Cumplimiento con la LOPD
Como fisioterapeuta autónomo manejas datos de salud de tus pacientes, que son datos de categoría especial según el RGPD. Esto implica obligaciones específicas: registro de actividades de tratamiento, política de privacidad, información al paciente y consentimiento informado y medidas de seguridad adecuadas al tipo de datos que gestionas.
El RGPD prevé multas de hasta 10 o 20 millones de euros, o del 2 % o 4 % de la facturación anual, según la gravedad (art. 83). Tienes el conjunto de obligaciones en la guía de obligaciones RGPD en una clínica privada. Si usas un software de gestión clínica con LOPD integrada, te ayuda a cubrir parte de estos requisitos.
Obligaciones fiscales del fisioterapeuta autónomo
IVA: la mayoría de servicios están exentos
Los servicios de fisioterapia con finalidad terapéutica —diagnóstico, prevención y tratamiento de enfermedades o lesiones— están exentos de IVA en virtud del artículo 20.Uno.3 de la Ley 37/1992 del IVA. Esto significa que no repercutes IVA en tus facturas a pacientes por sesiones clínicas, y tampoco presentas modelos de IVA por esa actividad.
La exención no es universal. Los servicios sin finalidad sanitaria, como los cursos de formación, los talleres o las conferencias, no entran en esa exención por su finalidad sanitaria y tributan al 21 % de IVA, como indica la tabla siguiente. Si repercutes IVA en alguna parte de tu actividad, tendrás que presentar el modelo 303 trimestral y el 390 anual por esa parte.
Más detalle sobre cómo emitir cada factura en nuestra guía de facturación en fisioterapia.
| Tipo de servicio | IVA | Base legal |
|---|---|---|
| Sesión de fisioterapia con finalidad terapéutica (tratamiento, rehabilitación, prevención) | Exento | Art. 20.Uno.3 LIVA |
| Valoración y diagnóstico fisioterapéutico | Exento | Art. 20.Uno.3 LIVA |
| Fisioterapia deportiva con finalidad preventiva o de recuperación | Exento | Art. 20.Uno.3 LIVA |
| Curso o taller de formación dirigido a otros profesionales | 21% IVA | No aplica exención sanitaria |
| Conferencia o ponencia remunerada | 21% IVA | No aplica exención sanitaria |
| Informe pericial para procedimiento judicial | 21% IVA | No aplica exención sanitaria |
IRPF: pagos fraccionados trimestrales
Al estar en estimación directa, presentas el modelo 130 cada trimestre (abril, julio, octubre y enero) con un pago fraccionado del 20 % sobre el rendimiento neto del trimestre, descontando los pagos anteriores del año.
En tus facturas a empresas o autónomos debes aplicar retención de IRPF: el 15 % con carácter general, o el 7 % durante los primeros tres años de actividad si no has ejercido actividad profesional en el año anterior. Las facturas a pacientes particulares no llevan retención.
Entre abril y junio del año siguiente presentas el modelo 100 con la declaración anual de la renta.
Verifactu: qué es y cuándo habrá que adaptarse
El Reglamento de sistemas informáticos de facturación (Real Decreto 1007/2023), conocido como Verifactu, regula los requisitos de los sistemas que se usan para emitir facturas, con el objetivo de que los registros sean íntegros, trazables e inalterables.
El reglamento fijaba como fechas límite de adaptación el 1 de enero de 2027 (Impuesto sobre Sociedades) y el 1 de julio de 2027 (resto de obligados, incluidos los profesionales autónomos afectados). Hacienda prevé aplazar esos plazos hasta octubre de 2028, aunque falta formalizarlo. Existen dos modalidades (VERI*FACTU, que remite los registros a la AEAT, y NO VERI*FACTU, que los conserva con requisitos adicionales), y la conformidad del software la acredita su productor mediante una declaración responsable. La obligación depende del ámbito de tu actividad y del sistema que uses, así que confirma el alcance con el proveedor de tu programa. Puedes ampliar la información en nuestra guía de Verifactu para fisioterapeutas.
Gastos deducibles del fisioterapeuta autónomo
Una de las ventajas de trabajar como autónomo es poder deducir los gastos relacionados con la actividad. Estos son los principales gastos deducibles para un fisioterapeuta:
Alquiler del local de consulta o la parte proporcional del domicilio si trabajas desde casa (superficie dedicada a la actividad respecto al total).
Camilla, material de fisioterapia, electroterapia, vendajes, guantes y cualquier otro material directamente vinculado a la actividad clínica.
La suscripción a un software como Docfav es un gasto profesional deducible. Incluye la cuota mensual y cualquier coste de implementación.
Cursos, congresos y formación continua relacionada con la fisioterapia. También la cuota anual del Colegio Oficial de Fisioterapeutas.
Seguro de responsabilidad civil profesional, seguro de enfermedad o accidente vinculado a la actividad, y seguro del local si aplica.
Los honorarios del gestor o asesor que lleva tu contabilidad y presenta tus impuestos son gastos deducibles de la actividad profesional.
Para deducir cualquier gasto necesitas factura o justificante, que el gasto esté vinculado a la actividad profesional y que el pago sea trazable (transferencia, tarjeta o domiciliación). Los pagos en efectivo no son deducibles. Si quieres ver cómo llevar los libros y los gastos con más detalle, consulta la guía de contabilidad en fisioterapia.
El fisioterapeuta autónomo dependiente (TRADE)
Si trabajas para una sola empresa o clínica que representa más del 75 % de tus ingresos, puedes tener la consideración de Trabajador Autónomo Económicamente Dependiente (TRADE). Esta figura tiene un régimen específico regulado por la Ley 20/2007 del Estatuto del Trabajo Autónomo.
Las características principales del TRADE son:
- Necesita formalizar un contrato escrito con el cliente principal y comunicarlo al SEPE
- No puede contratar trabajadores por cuenta ajena ni subcontratar la actividad
- Tiene derecho a 18 días hábiles de vacaciones anuales y a una indemnización en caso de resolución injustificada del contrato
- Cotiza en el RETA como cualquier autónomo
Si tu situación encaja con este perfil, conviene regularizarla: trabajar de facto como TRADE sin tener formalizado el contrato puede generar contingencias laborales y fiscales.
Ventajas de ser fisioterapeuta autónomo
Más allá de los trámites, hay razones sólidas por las que muchos fisioterapeutas eligen esta vía:
- Control total de la agenda: tú decides los horarios, la carga de trabajo y los días libres.
- Cartera de pacientes propia: construyes una relación directa con tus pacientes, sin intermediarios.
- Flexibilidad de modelo: puedes trabajar en consulta propia, a domicilio, en centros deportivos o combinar varias modalidades.
- Crecimiento escalable: si la actividad crece, puedes contratar a otros profesionales o abrir tu propio centro.
- Ingresos proporcionales al trabajo: no hay techo fijo; lo que factures es tuyo, descontando impuestos y gastos.
Software para fisioterapeutas autónomos: por qué importa desde el primer día
Gestionar una consulta de fisioterapia como autónomo implica compaginar la actividad clínica con la administrativa: agenda, historiales, consentimientos LOPD, facturación y Verifactu. Hacerlo con herramientas desconectadas suele duplicar tareas y aumenta el riesgo de errores.
Docfav integra todo eso en una sola plataforma diseñada específicamente como software para el fisioterapeuta autónomo: agenda con gestión de bonos de sesiones, historia clínica personalizable, firma digital de consentimientos, facturación con Verifactu integrado y control de cobros. Si estás comparando programas, consulta la comparativa de los mejores software para fisioterapeutas.
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