Fisioterapeuta autónomo: pasos, obligaciones y lo que nadie te explica antes de darte de alta
- Iker Martínez Pérez
- 9 min de lectura
Última actualización: Mayo 2026
Cada vez más fisioterapeutas deciden ejercer por cuenta propia. Algunos porque quieren gestionar su propio tiempo, otros porque quieren construir su propia cartera de pacientes, y muchos porque la opción de trabajar en una clínica ajena no encaja con lo que tienen en mente a largo plazo.
El problema es que el camino para hacerse fisioterapeuta autónomo tiene más pasos de los que parece. No basta con darse de alta en Hacienda. Hay que colegiarse, conocer las obligaciones fiscales específicas de la profesión, cumplir con la protección de datos y, desde 2026, usar software de facturación homologado.
Esta guía cubre todo eso, en orden y sin rodeos.
Pasos para darte de alta como fisioterapeuta autónomo
1. Colegiación en el Colegio de Fisioterapeutas
Antes de cualquier trámite fiscal o administrativo: la colegiación es obligatoria para ejercer la fisioterapia en España. Sin número de colegiado no puedes prestar servicios como fisioterapeuta, ni como autónomo ni en ninguna otra modalidad.
Cada comunidad autónoma tiene su propio Colegio Oficial de Fisioterapeutas. El coste de colegiación varía según la comunidad, pero suele oscilar entre 100 € y 300 € de cuota de inscripción, más una cuota anual o trimestral. Consulta el colegio de tu comunidad para conocer las tarifas actualizadas.
2. Alta en Hacienda — Modelo 036 o 037
El primer trámite fiscal es presentar el modelo 036 o el modelo 037 (versión simplificada) en la Agencia Tributaria. Con este modelo te das de alta en el censo de empresarios y profesionales y declaras la actividad que vas a ejercer.
El epígrafe del IAE que corresponde a los fisioterapeutas es el 654 — Fisioterapeutas y terapeutas ocupacionales, dentro de la Sección Segunda de actividades profesionales. Asegúrate de que tu gestor lo tramita con este epígrafe, no con otros relacionados con actividades médicas generales.
En este mismo modelo debes indicar si tributarás en estimación directa simplificada (la opción habitual para autónomos que inician actividad) o en módulos, y si vas a realizar operaciones con IVA sujeto o exento.
3. Alta en la Seguridad Social — RETA
Una vez tramitada el alta en Hacienda, tienes 60 días naturales para darte de alta en el Régimen Especial de Trabajadores Autónomos (RETA) de la Seguridad Social.
Desde enero de 2023 está vigente el nuevo sistema de cotización por ingresos reales. La cuota de autónomos para profesionales sanitarios ya no es fija: se calcula en función de los rendimientos netos previstos de tu actividad. Las cuotas van desde aproximadamente 200 €/mes para los tramos de ingresos más bajos hasta 530 €/mes para los tramos más altos, con 15 tramos intermedios.
Al darte de alta puedes elegir la base de cotización que mejor se ajuste a tus ingresos previstos y modificarla hasta seis veces al año si tu situación cambia. Al cierre del ejercicio, la Seguridad Social regulariza la cotización en función de los ingresos reales declarados en la renta.
4. Cumplimiento con la LOPD
Como fisioterapeuta autónomo manejas datos de salud de tus pacientes, que son datos de categoría especial según el RGPD. Esto implica obligaciones específicas: registro de actividades de tratamiento, política de privacidad, consentimiento informado firmado por cada paciente y medidas de seguridad adecuadas al tipo de datos que gestionas.
El incumplimiento de la normativa de protección de datos en el ámbito sanitario puede derivar en sanciones significativas. Si usas un software de gestión clínica con LOPD integrada, buena parte de estos requisitos quedan cubiertos automáticamente.
Obligaciones fiscales del fisioterapeuta autónomo
IVA: la mayoría de servicios están exentos
Los servicios de fisioterapia con finalidad terapéutica —diagnóstico, prevención y tratamiento de enfermedades o lesiones— están exentos de IVA en virtud del artículo 20.Uno.3 de la Ley 37/1992 del IVA. Esto significa que no repercutes IVA en tus facturas a pacientes por sesiones clínicas, y tampoco presentas modelos de IVA por esa actividad.
La exención no es universal. Si impartes cursos de formación, talleres o conferencias, esos servicios sí llevan IVA al 21 %. En ese caso tendrías que presentar el modelo 303 trimestral y el 390 anual por esa parte de la actividad.
| Tipo de servicio | IVA | Base legal |
|---|---|---|
| Sesión de fisioterapia con finalidad terapéutica (tratamiento, rehabilitación, prevención) | Exento | Art. 20.Uno.3 LIVA |
| Valoración y diagnóstico fisioterapéutico | Exento | Art. 20.Uno.3 LIVA |
| Fisioterapia deportiva con finalidad preventiva o de recuperación | Exento | Art. 20.Uno.3 LIVA |
| Curso o taller de formación dirigido a otros profesionales | 21% IVA | No aplica exención sanitaria |
| Conferencia o ponencia remunerada | 21% IVA | No aplica exención sanitaria |
| Informe pericial para procedimiento judicial | 21% IVA | No aplica exención sanitaria |
IRPF: pagos fraccionados trimestrales
Al estar en estimación directa, presentas el modelo 130 cada trimestre (abril, julio, octubre y enero) con un pago fraccionado del 20 % sobre el rendimiento neto del trimestre, descontando los pagos anteriores del año.
En tus facturas a empresas o autónomos debes aplicar retención de IRPF: el 15 % con carácter general, o el 7 % durante los primeros tres años de actividad si no has ejercido actividad profesional en el año anterior. Las facturas a pacientes particulares no llevan retención.
En enero presentas el modelo 100 con la declaración anual de la renta.
Verifactu: facturación homologada desde 2026
El Reglamento de sistemas informáticos de facturación (Real Decreto 1007/2023), conocido como Verifactu, obliga a los autónomos sujetos al IRPF a usar software de facturación homologado que garantice la integridad y trazabilidad de cada factura emitida.
Para un fisioterapeuta autónomo esto significa que las facturas en Excel, Word o plantillas PDF sin sistema homologado dejan de ser válidas. El software utilizado debe enviar los registros de facturación a la Agencia Tributaria de forma automática y no permitir modificar facturas ya emitidas sin dejar rastro auditable.
Gastos deducibles del fisioterapeuta autónomo
Una de las ventajas de trabajar como autónomo es poder deducir los gastos relacionados con la actividad. Estos son los principales gastos deducibles para un fisioterapeuta:
Alquiler del local de consulta o la parte proporcional del domicilio si trabajas desde casa (superficie dedicada a la actividad respecto al total).
Camilla, material de fisioterapia, electroterapia, vendajes, guantes y cualquier otro material directamente vinculado a la actividad clínica.
La suscripción a un software como Docfav es un gasto profesional deducible. Incluye la cuota mensual y cualquier coste de implementación.
Cursos, congresos y formación continua relacionada con la fisioterapia. También la cuota anual del Colegio Oficial de Fisioterapeutas.
Seguro de responsabilidad civil profesional, seguro de enfermedad o accidente vinculado a la actividad, y seguro del local si aplica.
Los honorarios del gestor o asesor que lleva tu contabilidad y presenta tus impuestos son gastos deducibles de la actividad profesional.
Para deducir cualquier gasto necesitas factura o justificante, que el gasto esté vinculado a la actividad profesional y que el pago sea trazable (transferencia, tarjeta o domiciliación). Los pagos en efectivo no son deducibles.
El fisioterapeuta autónomo dependiente (TRADE)
Si trabajas para una sola empresa o clínica que representa más del 75 % de tus ingresos, puedes tener la consideración de Trabajador Autónomo Económicamente Dependiente (TRADE). Esta figura tiene un régimen específico regulado por la Ley 20/2007 del Estatuto del Trabajo Autónomo.
Las características principales del TRADE son:
- Necesita formalizar un contrato escrito con el cliente principal y comunicarlo al SEPE
- No puede contratar trabajadores por cuenta ajena ni subcontratar la actividad
- Tiene derecho a 18 días hábiles de vacaciones anuales y a una indemnización en caso de resolución injustificada del contrato
- Cotiza en el RETA como cualquier autónomo
Si tu situación encaja con este perfil, conviene regularizarla: trabajar de facto como TRADE sin tener formalizado el contrato puede generar contingencias laborales y fiscales.
Ventajas de ser fisioterapeuta autónomo
Más allá de los trámites, hay razones sólidas por las que muchos fisioterapeutas eligen esta vía:
- Control total de la agenda: tú decides los horarios, la carga de trabajo y los días libres.
- Cartera de pacientes propia: construyes una relación directa con tus pacientes, sin intermediarios.
- Flexibilidad de modelo: puedes trabajar en consulta propia, a domicilio, en centros deportivos o combinar varias modalidades.
- Crecimiento escalable: si la actividad crece, puedes contratar a otros profesionales o abrir tu propio centro.
- Ingresos proporcionales al trabajo: no hay techo fijo; lo que factures es tuyo, descontando impuestos y gastos.
Software para fisioterapeutas autónomos: por qué importa desde el primer día
Gestionar una consulta de fisioterapia como autónomo implica compaginar la actividad clínica con la administrativa: agenda, historiales, consentimientos LOPD, facturación y ahora Verifactu. Hacerlo con herramientas desconectadas (calendario, Excel, Word) multiplica el tiempo dedicado a burocracia y el riesgo de errores.
Docfav integra todo eso en una sola plataforma diseñada específicamente como software para el fisioterapeuta autónomo: agenda con gestión de bonos de sesiones, historia clínica personalizable, firma digital de consentimientos, facturación con Verifactu integrado y control de cobros en tiempo real.
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