- Iker Martínez Pérez
- 6 min de lectura
Última actualización: septiembre 2026
Si ya tienes claro cómo emitir tus facturas como fisioterapeuta, esta guía da un paso más: cubre las obligaciones fiscales globales, los gastos que puedes deducirte y cómo Verifactu afecta a tu actividad en 2026. Si lo que buscas es la parte práctica de rellenar cada factura, tienes esa información en nuestro post sobre facturación en fisioterapia: IVA, IRPF y Verifactu paso a paso.
La contabilidad de un fisioterapeuta autónomo en 2026 tiene una capa de complejidad que hace dos años no existía: Verifactu. Desde que entró en vigor la obligación de facturación electrónica verificable, muchos fisioterapeutas se han dado cuenta de que sus herramientas de siempre —Excel, facturas en Word, el programa de siempre— ya no son suficientes.
Pero antes de llegar a Verifactu, hay conceptos que no han cambiado y que todo fisioterapeuta necesita tener claros: la exención de IVA, la retención del IRPF, los gastos deducibles y las obligaciones según tu forma jurídica.
Exención de IVA en fisioterapia: cuándo aplica y cuándo no
Verifactu forma parte de la normativa que establece requisitos para los sistemas informáticos utilizados para emitir facturas. Su objetivo es que los registros de facturación sean íntegros, trazables y no puedan modificarse sin dejar constancia.
La adaptación de los sistemas tiene distintos plazos:
- 1 de enero de 2027: contribuyentes del Impuesto sobre Sociedades.
- 1 de julio de 2027: resto de obligados tributarios, incluidos los profesionales autónomos afectados por la normativa.
Verifactu es una de las modalidades previstas. Por eso, conviene comprobar con una asesoría o con el proveedor del programa qué requisitos se aplican a cada actividad y qué modalidad utiliza su sistema.
¿Qué debe revisar un fisioterapeuta autónomo?
Antes de la fecha que le corresponda, el profesional debería comprobar si el sistema que utiliza para expedir facturas está incluido en el ámbito de la normativa y si su proveedor prevé adaptarlo. Puede consultar las fechas y condiciones actualizadas en la Agencia Tributaria.
La adaptación depende de la situación concreta del profesional y del sistema utilizado. Si tienes dudas, confirma tu caso con una asesoría fiscal.
La AEAT confirma esos plazos de adaptación para 2027.
IRPF para fisioterapeutas autónomos en 2026
El Impuesto sobre la Renta de las Personas Físicas (IRPF) grava los ingresos obtenidos como persona física. Para los fisioterapeutas autónomos, su gestión depende de a quién van dirigidas tus facturas.
¿Cuándo tienes que aplicar retención del IRPF en tus facturas?
La retención del IRPF solo se aplica cuando tu cliente es una empresa, un autónomo o una entidad obligada a retener. Si tratas directamente con pacientes particulares, no aplicas retención.
- Paciente particular → factura sin retención de IRPF
- Centro médico, mutua, empresa o autónomo → factura con retención de IRPF
Los tipos de retención del IRPF en 2026
El tipo general de retención aplicable a profesionales sanitarios de la sección primera del IAE es del 15%.
Para nuevos autónomos existe una reducción importante: si te has dado de alta recientemente y no ejercías ninguna actividad profesional el año anterior, puedes aplicar el 7% durante los tres primeros años. Para aplicarlo, comunícaselo al pagador mediante declaración responsable. Si estás iniciando tu actividad, te contamos todos los pasos en nuestra guía sobre hacerse autónomo en fisioterapia.
Verifactu para fisioterapeutas: qué es y cuándo habrá que adaptarse
- 1 de enero de 2027: contribuyentes del Impuesto sobre Sociedades.
- 1 de julio de 2027: resto de obligados tributarios, incluidos los profesionales autónomos afectados por la normativa.
Verifactu es una de las modalidades previstas. Por eso, conviene comprobar con una asesoría o con el proveedor del programa qué requisitos se aplican a cada actividad y qué modalidad utiliza su sistema.
Gastos deducibles para un fisioterapeuta autónomo
Controlar los gastos deducibles es la manera más directa de pagar los impuestos que realmente te corresponden. Puedes deducirte todos los gastos necesarios para tu actividad como fisioterapeuta, siempre que estén justificados con factura y registrados contablemente.
Requisitos para que un gasto sea deducible
Hacienda exige tres condiciones:
- Relación directa con la actividad de fisioterapia
- Justificación documental: factura a tu nombre con tus datos fiscales
- Registro contable: anotado en tus libros de ingresos y gastos
Sin los tres, Hacienda puede rechazar la deducción en una inspección.
Los gastos deducibles más habituales en fisioterapia
- Arrendamiento del local o consultorio
- Suministros: luz, agua, internet, teléfono (en proporción al uso profesional)
- Material clínico: cremas, aceites, vendajes, electrodos, guantes y material de uso directo en sesiones
- Equipamiento: camillas, aparatos de electroterapia. Si supera los 600 €, se amortiza como inmovilizado en lugar de deducirse como gasto directo en el ejercicio
- Formación: cursos, congresos, másteres relacionados con la fisioterapia
- Servicios profesionales: gestor, asesor fiscal, abogado, publicidad, diseño web
- Cuota de autónomo: completamente deducible. Puedes ver los tramos vigentes en nuestra guía de cuota de autónomos para sanitarios
- Seguro de responsabilidad civil: obligatorio en muchas comunidades y totalmente deducible
- Software de gestión clínica: las herramientas para agenda, facturación y documentación
Otras obligaciones fiscales: IAE e Impuesto de Sociedades
Impuesto de Actividades Económicas (IAE)
Grava el derecho a ejercer una actividad profesional. Debes darte de alta en el epígrafe correspondiente antes de comenzar tu actividad. Si en tu centro realizas varias especialidades, es posible que necesites más de un epígrafe. Se paga anualmente y su ámbito puede ser local, provincial o nacional.
Impuesto de Sociedades (IS)
Si tu clínica está organizada como Sociedad Limitada (S.L.) o Sociedad Anónima (S.A.), tributas por el Impuesto de Sociedades —25% sobre beneficios netos, con tipos reducidos para empresas de nueva creación— en lugar del IRPF personal. Si trabajas como persona física autónoma, este impuesto no te aplica.
¿Las sesiones de fisioterapia son deducibles para los pacientes?
Según la normativa del IRPF vigente, las sesiones de fisioterapia no son deducibles con carácter general para los pacientes. No existe deducción estatal específica por gastos en fisioterapia.
Existen algunos matices:
Pacientes autónomos: solo podrían deducirse si acreditan que las sesiones son imprescindibles para generar ingresos con su actividad. Hacienda aplica criterio restrictivo y en la práctica es difícil de sostener sin una relación directa muy clara.
Deducción autonómica: algunas comunidades autónomas contemplan deducciones por gastos sanitarios en la cuota autonómica del IRPF. Depende de la comunidad de residencia del paciente.
Seguro de salud privado: si el paciente tiene un seguro que incluye fisioterapia, puede deducirse la prima hasta 500 € anuales (1.500 € si es para persona con discapacidad). La deducción es de la prima, no de cada sesión individual.
Cómo gestionar la contabilidad de tu consulta sin que te consuma el día
La realidad de la mayoría de fisioterapeutas autónomos es que la contabilidad es la parte que más tiempo quita. Emitir facturas, registrar gastos, preparar los trimestres, controlar cobros pendientes.
Un software de gestión para fisioterapeutas centraliza toda esta operativa: las facturas se generan desde la agenda, el módulo cumple con Verifactu, y tienes el control de ingresos del mes en tiempo real, sin abrir Excel ni preparar nada manualmente.
El tiempo que recuperas no va a la contabilidad. Va a los pacientes.
¿Quieres ver cómo funciona Docfav para fisioterapeutas?
